Alors que le variant sud-africain inquiète à Mayotte, l’épidémiologiste Renaud Piarroux revient pour Outre-mer la 1ère sur la complexité des variants qui se propagent en Europe et en Afrique Australe actuellement. Un troisième variant a été détecté : il vient du Brésil.
Le variant sud-africain est source d’inquiétudes à Mayotte, et pour cause : plus difficile à détecter, il semble très transmissible et il a pris le dessus en Afrique du Sud. « Il faut être extrêmement vigilant sur les pays en contact avec l’Afrique du Sud parce qu’il y a toutes les raisons d’avoir une diffusion de ce variant comme nous avons des raisons d’avoir une diffusion du variant britannique en Europe », explique l’épidémiologiste Renaud Piarroux.
Une flambée épidémique en Afrique du Sud
Le chef de service de parasitologie à la Pitié Salpêtrière à Paris rappelle les faits, édifiants : « actuellement, plus de la moitié des décès en Afrique ont lieu en Afrique du Sud alors qu’on est dans l’hémisphère sud, en plein dans la période estivale”. Ainsi, malgré la chaleur, “ce variant a pris le dessus sur tous les autres et on a une épidémie extrêmement sévère en Afrique du Sud. »
Le pays avait déjà été celui d’Afrique le plus touché en juin- juillet (pendant sa période hivernale, ndlr), en comptant jusqu’à 12000 cas par jour : on y recense aujourd’hui par jour jusqu’à 19 000 cas. « On est passé d’un pic de près de 300 décès par jour à un nouveau pic atteignant par jour les 450 décès », indique l’épidémiologiste.
Comme le variant britannique
Renaud Piarroux précise : « comme le variant britannique, il possède beaucoup de mutations, même plus, et en particulier sur la protéine qui sert à fixer le virus sur les cellules humaines, la protéine spike; il a aussi des mutations communes avec le variant britannique. Comme ces variants sont plus transmissibles et à peu près autant pathogènes », l’épidémiologiste en est sûr : « il y aura beaucoup plus de décès liés à ces variants là où ils sont implantés. » Voilà pourquoi il faut surveiller la situation à Mayotte même si, comme l’a déclaré ce mardi Dominique Voynet en conférence de presse « il n’y pas encore la preuve de la présence [là-bas] du variant sud-africain ».
Car un test à lui seul ne suffit pas à détecter ce variant. Ainsi à Mayotte, des prélèvements ont-ils été réalisés sur des voyageurs positifs au Covid en provenance des des Comores. Les prélévements ont ensuite été envoyés à l’institut Pasteur à Paris et dans un autre centre à Lyon.
Détection difficile
Pourquoi les variants sont-ils plus difficiles à détecter? Le chef du service de parasitologie à l’hôpital de la Pitié-Salpêtrière explique : « Au lieu d’avoir à identifier des malades, il faut identifier les virus qu’ils portent. Comme les symptômes sont les mêmes, cela implique un diagnostic plus poussé avec des tests supplémentaires sur les malades. »
Ce sont des tests complexes puisqu’il ne s’agit pas seulement de chercher s’il y a le virus ou pas : un test antigénique ne permettra pas de dire si c’est un variant ou pas, et même les tests PCR sont pour la plupart incapables de faire la différence entre les deux.
Cela dit, il y a une exception en ce qui concerne le variant britannique : « il existe un des tests PCR qui a par hasard plusieurs cibles dont une qui est affectée par le variant britannique”. Si cela permet de trouver des premiers signes de suspicion de variant, il reste néanmoins une autre étape, celle, très lourde, du séquençage du virus. Or, “les systèmes de séquençage à très haut débit ne sont pas disponibles partout, donc c’est compliqué de surveiller chaque patient, de récupérer le génome du virus et de le lire en totalité, avant de dire si oui ou non, il a le variant. »
Un troisième variant au Brésil
Un variant britannique, un variant sud-africain et un autre, brésilien. En effet, le variant découvert au Japon a été détecté sur une famille, de retour du Brésil. Et on se demande à quel point il est contagieux. Ce qui n’est pas de très bon augure au vu de la situation dans ce pays. « On peut noter qu’il y a là-bas une épidémie relativement forte et c’est un problème pour la Guyane », souligne le professeur Piarroux qui avait notamment contribué, cet été, à la mise en place du dispositif de traçage YanaCov en Guyane, lors de l’instauration du premier couvre-feu dans le département.
Comme en Afrique du Sud, l’épidémie est plutôt en train de reprendre au Brésil « alors qu’ avec les températures et la situation du pays dans l’hémisphère Sud, cela devrait normalement aller mieux. Est-ce que c’est uniquement parce qu’il y a un relâchement de la population? » s’interroge Renaud Piarroux. « Cela peut être un facteur mais cela n’explique pas tout.” »
D’où l’importance de suivre aussi ce qui se passe au Brésil. Car une nouvelle flambée épidémique dans ce pays aurait un impact sur la Guyane voisine, qui a hier, recensé pas moins de 149 nouvaux cas de Covid-19.
